Toda distro imutável permite alterar o core do sistema. A questão é que geralmente é algo que exige conhecimento para fazer isso e há muitas barreiras. O NixOS, por exemplo, só permite que você altere o core do sistema se você der autorização para editar e reiniciar o computador, entrando em modo de edição. Daí depois que você reiniciar novamente, retorna à imutável. No Vanilla OS você precisa rodar um comando desabilitando manualmente a imutabilidade, para daí conseguir mudar o sistema.

Mas tanto no NixOS quanto no Vanilla OS, dois exemplos de distros imutáveis, desabilitar a imutabilidade se torna algo completamente desnecessário. No NixOS porque você cria seu sistema e nas configurações do sistema através de um arquivo específico do NixOS. No Vanilla OS porque eles usam containers através do podman, que permite você rodar qualquer gerenciador de pacotes do linux (pacman, apt, dnf, zypper, etc), e dos Flatpaks para tudo, o que é muito interessante.

Desabilitar a imutabilidade desses sistemas é possível, mas exige conhecimento técnico mais avançado e é completamente desaconselhável.