Bom, eu tô usando o cinnamon aqui, e nas configurações eu posso trocar para o layout que quero (br-nativo), funciona normalmente no ambiente do cinnamon, mas não no light-dm (o meu display manager) e nem no console.

Já editei uns trocentos arquivos pra tentar arrumar isso, mas não resolve :/

➜  ~ grep -i xkb /var/log/Xorg.0.log
[     6.810] (**) Option "xkb_layout" "br"
[     6.810] (**) Option "xkb_variant" ",nativo"
[     6.810] (**) Option "xkb_options" "grp:shifts_toggle,grp_led:scroll"
[     6.916] (**) Option "xkb_layout" "br"
[     6.916] (**) Option "xkb_variant" ",nativo"
[     6.916] (**) Option "xkb_options" "grp:shifts_toggle,grp_led:scroll"
[     6.946] (**) Option "xkb_layout" "br"
[     6.946] (**) Option "xkb_variant" ",nativo"
[     6.946] (**) Option "xkb_options" "grp:shifts_toggle,grp_led:scroll"
[     7.016] (**) Option "xkb_layout" "br"
[     7.016] (**) Option "xkb_variant" ",nativo"
[     7.016] (**) Option "xkb_options" "grp:shifts_toggle,grp_led:scroll"
[     7.070] (**) Option "xkb_layout" "br"
[     7.070] (**) Option "xkb_variant" ",nativo"
[     7.070] (**) Option "xkb_options" "grp:shifts_toggle,grp_led:scroll"
[     7.113] (**) Option "xkb_layout" "br"
[     7.113] (**) Option "xkb_variant" ",nativo"
[     7.113] (**) Option "xkb_options" "grp:shifts_toggle,grp_led:scroll"
[     7.253] (**) Option "xkb_layout" "br"
[     7.253] (**) Option "xkb_variant" ",nativo"
[     7.253] (**) Option "xkb_options" "grp:shifts_toggle,grp_led:scroll"
[     7.280] (**) Option "xkb_layout" "br"
[     7.280] (**) Option "xkb_variant" ",nativo"
[     7.280] (**) Option "xkb_options" "grp:shifts_toggle,grp_led:scroll"
[     7.294] (**) Option "xkb_layout" "br"
[     7.294] (**) Option "xkb_variant" ",nativo"
[     7.294] (**) Option "xkb_options" "grp:shifts_toggle,grp_led:scroll"

>>> /etc/X11/xorg.conf.d/10-keyboard.conf
Section "InputClass"
    Identifier "keyboard-all"
    Driver "evdev"
    Option "XkbLayout" "br"
    Option "XkbVariant" ",nativo"
    Option "XkbOptions" "grp:shifts_toggle,grp_led:scroll"
    MatchIsKeyboard "on"
EndSection

>>> /etc/locale-gen
#en_US ISO-8859-1
#en_US.UTF-8 UTF-8
#ja_JP.EUC-JP EUC-JP
#ja_JP.UTF-8 UTF-8
#ja_JP EUC-JP
#en_HK ISO-8859-1
#en_PH ISO-8859-1
#de_DE ISO-8859-1
#de_DE@euro ISO-8859-15
#es_MX ISO-8859-1
#fa_IR UTF-8
#fr_FR ISO-8859-1
#fr_FR@euro ISO-8859-15
#it_IT ISO-8859-1
pt_BR UTF-8

>>> .Xmodmap
-model pc105 -layout pt -variant nativo

Qualquer ajuda é mais do que bem vinda :)